Il porto di Trapani nacque come antico sbocco commerciale per Eryx (odierna Erice), sita sul monte che sovrasta Trapani. Nell'antichità fu utilizzato da Fenici, Cartaginesi (fondatori della città di Trapani) , Greci, Romani e successivamente dagli Arabi. Dopo l'arrivo in Sicilia dei Normanni il porto ebbe grande fermento, anche grazie alle crociate. Nell'Ottocento invece divenne un'importante base per la flotta commerciale destinata al traffico del sale verso il nord Europa e del vino Marsala.

Anche durante la seconda guerra mondiale ebbe un ruolo importante, in quanto divenne porto militare e base sommergibilistica di primaria importanza (base dell'VIII Gruppo). 
La sua collocazione baricentrica è fondamentale ancora oggi . Esso infatti è un potenziale punto di snodo sia per lo sviluppo dello short sea shipping che per i traffici commerciali di general cargo, containerizzati e non. 

Negli ultimi anni si può infatti considerare Trapani come un porto "al centro del centro", grazie ad una posizione equidistante dal canale di Suez e dallo stretto di Gibilterra.
Esso ha per di più un legame indissolubile con la città e con il suo centro storico, per questioni storiche, culturali e geografiche. In quanto Trapani, soprannominata la “città-porto” , nacque e si sviluppò proprio attorno al suo porto, sin dall’antichità.

Nei secoli successivi la città si espanse tutta attorno, ma comunque sempre proiettata verso il porto principale.